红法夫酵母可以生产出虾青素。但问题是，考虑到成本效益从野生红法夫酵母菌株生产虾青素是不可能的，因为虾青素额产量还不到百分之300.用于鲑鳟鱼饲料的商用红法夫酵母是变异的红法夫酵母菌株，比野生株虾青素的产量高20倍。变异是通过紫外线灯、γ辐射或诱导有机突变的化学物质进行的。变异过程会引起各种代谢途径的巨大变化（很多都是同虾青素的生产密切相关的），用以产出足够量的虾青素。因此，红法夫酵母来源的虾青素被认为是基因改造物，不是天然的产品。

  红法夫酵母来源的虾青素与食物链中的天然虾青素的化学结构也迥然不同。海洋动物的虾青素总是被酯化的（有至少一个或多个脂肪酸分子附着），源自雨生红球藻的天然虾青素也是如此。而红法夫酵母来源的虾青素中只有5%这样同类的虾青素。此外，在上一节也提到，同天然虾青素相比它化学结构也不一样，红法夫酵母来源的虾青素其实同合成的虾青素类似，与天然虾青素的结构是不同的。结构的不同点在于其分子形式的差别。雨生红球藻来源的天然虾青素实际上是磷虾中所含虾青素的完全翻版，在天然食物链上磷虾是更大海洋动物的食物，而红法夫酵母来源和合成的虾青素不具有此特点。追根究底，红法夫酵母和合成的虾青素相比，微藻来源的天然虾青素是最大优势是它是天然有效的复合物。这种复合物包括3种不同形式的虾青素：单酯虾青素占70%（末端附着一个脂肪酸分子）、二酯虾青素占10%（两个末端附着脂肪酸分子）和游离虾青素占5%-主要是各种红法夫酵母和合成的虾青素。这种天然有效的复合物余下的15%成分是各种累胡萝卜素的混合：6%β-胡萝卜素、5%角黄素和4%叶黄素。

  虽然在美国不允许合成虾青素，但红法夫酵母来源的虾青素允许用于人类营养补充剂，即便如此仍不能改变它是劣等的虾青素的身份，而且用于人类营养补充剂时只能有限制地使用。其他很多国家仍旧不允许变异品种应用于人类营养领域。2000年7月17日美国食品药品监管局发布了文件允许法夫酵母虾青素生产商在美国市场销售，但受以下限制：

  ·每天最大剂量2mg

  ·仅允许在有限期内使用

  ·不允许儿童使用

  这些限制明显表明变异的酵母产品有严重的安全隐患，而源自雨生红球藻的天然虾青素就不受这些限制，它拥有广泛安全记录、作为大众服用补充剂已有十年历史。